Assimilation ist der Stoff- und Energiewechsel, bei dem aufgenommene, körperfremde anorganische oder organische Stoffe – meistens unter Energiezufuhr – in körpereigene organische Verbindungen umgewandelt werden. Es werden also Stoffe aus der Umwelt in Bestandteile des Organismus umgewandelt. Dabei wird je nach Betrachtungsweise zwischen Kohlenstoff-, Stickstoff-, Schwefel-, Phosphat- und Mineralstoff-Assimilation unterschieden. Dissimilation bezeichnet den umgekehrten chemischen Stoffwechsel.