Der Humboldt-Pinguin, auch Humboldtpinguin, gehört mit drei weiteren Arten, dem Brillenpinguin, dem Magellanpinguin und dem Galápagos-Pinguin zur Gattung der Brillenpinguine (Spheniscus). Mit 17 weiteren Pinguinarten gehört er der Ordnung Sphenisciformes und der Familie Spheniscidae an.