Das Flimmerepithel oder respiratorische Epithel ist eine Schicht aus spezialisierten Epithelzellen, welche den größten Teil der Atemwege auskleidet. Es zeichnet sich durch Kinozilien (Flimmerhärchen) auf der lumenseitigen Zelloberfläche aus.
Das respiratorische Epithel dient, auch wenn es der Name vermuten lässt, nicht dem Gasaustausch, sondern der Reinigung der Atemwege.