Werkstättenfertigung beschreibt im Rahmen der Fertigungsplanung und -steuerung einen Fertigungstyp, bei dem die einzelnen Bereiche nach dort durchgeführter Tätigkeit strukturiert sind, unabhängig davon, für welche Produkte oder an welcher Stelle im Produktentstehungsprozess die Tätigkeit benötigt wird. Der wichtigste Vorteil der Werkstättenfertigung liegt in der hohen Flexibilität im Hinblick auf die Kundenwünsche. Außerdem haben die Werker anspruchsvolle Aufgaben zu bewältigen und sind nur einer geringen Monotonie ausgesetzt. Als nachteilig gelten hohe Bestände in Verbindung mit langen Durchlaufzeiten der Produkte.
Die Werkstattfertigung ist im Handwerk, aber auch im Werkzeug- und Sondermaschinenbau zu finden. Dort werden neben Neuanfertigungen und Reparaturen auch Einzel- oder Kleinstserien von Einzelhandwerkern oder Arbeitsgruppen gefertigt.