Eine Mikroorganismenkultur entsteht durch die Kultivierung von Mikroorganismen. Dabei wachsen die Organismen durch Zellteilung in einem für sie geeigneten Kulturmedium unter kontrollierten Bedingungen, unter anderem eine bestimmte Temperatur und die Anwesenheit oder das Fehlen von Sauerstoff. Anhand einer Mikroorganismenkultur lässt sich der verwendete Organismustyp näher untersuchen. So kann beispielsweise eine Bakterienkultur aus einer Probe isoliert werden, um die darin enthaltenen Bakterien nachzuweisen. Dies kann sich auf Krankheitserreger beziehen, aber genauso auf Mikroorganismen, die z. B. natürlicherweise in einer Bodenprobe enthalten sind.