Die Vaginalzytologie ist die mikroskopische Untersuchung von Zellen, die von der Innenauskleidung der Scheide – dem Vaginalepithel – gewonnen werden. Von ihr abzugrenzen ist der zur Tumordiagnostik eingesetzte Pap-Test, bei dem der Abstrich vom Gebärmutterhals und vom äußeren Muttermund entnommen wird. Da das Vaginalepithel im Menstruationszyklus unter dem Einfluss der Sexualhormone charakteristische Veränderungen zeigt, kann anhand des Zellbildes auf den Hormonstatus der Patientin geschlossen werden. Die Vaginalzytologie gilt als ein einfaches und kostengünstiges Verfahren zur Basisdiagnostik hormoneller Störungen in der Frauenheilkunde. Eine untergeordnete Rolle spielt die Vaginalzytologie auch in der Diagnostik von Scheidenentzündungen und Scheidentumoren.