Pektinasen sind Enzyme, die Pektine abbauen. Da ein Hauptbestandteil von Pektin Polygalakturonsäure ist, ist das Enzym Polygalakturonase ein Beispiel für eine Pektinase. Pektinasen bauen die Pektinmittellamellen der pflanzlichen Zellwand ab – dies ist ein normaler Prozess während der Fruchtreife in Blütenpflanzen. Außerdem wird das Enzym von Bakterien und Pilzen gebildet, die auf Pflanzen parasitieren. Pektinasen werden kommerziell genutzt, etwa zur Isolation pflanzlicher Protoplasten und zur Fruchtsaftherstellung.