In der Medizin verwendet man Agglutinine als Oberbegriff für Proteine, die mit Zellen oder auch korpuskulären Elementen verklumpen (Agglutination) und daher Aggregate bilden. Der Begriff Hämagglutinine wird aus historischen Gründen teilweise synonym gebraucht, jedoch beschreibt er ausschließlich die Verklumpung von Proteinen mit roten Blutkörperchen (Hämagglutination). Im Gegensatz zur Agglutination von Agglutininen und Zellen bezeichnet eine Proteinaggregation die Verklumpung von Proteinen, eine Präzipitation beschreibt die Verklumpung bei Antikörpern. Agglutinine können mit Agglutinationstests bestimmt werden, z. B. in einer Gruber-Widal-Reaktion.