Als Scheidenflora (Vaginalflora) wird die natürlich vorhandene mikrobielle Besiedlung der weiblichen Scheide bezeichnet. Die Scheidenflora übernimmt eine Platzhalterfunktion und verhindert dadurch, dass andere, schädliche Keime überhandnehmen. Neben dieser sogenannten Kolonisationsresistenz verhindert auch der durch die Scheidenflora bedingte pH-Wert ein Überwuchern von Krankheitserregern. In der Zusammensetzung der Scheidenflora gibt es bei den verschiedenen Säugetieren erhebliche Unterschiede. Die Scheidenflora gehört zum Mikrobiom eines Vielzellers.