Das Merkelzell-Polyomavirus wurde im Januar 2008 entdeckt. MCPyV ist eines von sieben beim Menschen bekannten Onkoviren. Es soll die Mehrzahl aller Fälle von Merkelzellkarzinomen verursachen, einer seltenen, aber aggressiven Hautkrebsform. Bei ca. 80 % der Merkelzellkarzinome (MCC) wurden Infektionen mit MCPyV gefunden. Antikörper gegen das MCPyV können bei gesunden Personen je nach Altersgruppe bei bis zu 80 % der Probanden nachgewiesen werden, wobei diese Seroprävalenz bei Kindern unter 15 Jahren bereits 50 % beträgt. Da es auch in Bronchialsekreten gefunden wurde, ist eine Übertragung über die Atemwege anzunehmen. Diese Isolate bei gesunden Virusträgern entsprechen dem nichtmutierten Wildtyp. Die meisten aus MCC-Tumoren isolierten Virusgenome unterliegen allerdings mindestens zwei Mutationen, die sie nichtübertragbar machen: Erstens ist das Virus klonal in das Wirtsgenom integriert, und zweitens ist das virale T-Antigen durch eine Mutation verkürzt, sodass es die zur Vermehrung des viralen Genoms notwendige zelluläre DNA-Replikation nicht mehr anstoßen kann.