Ein Mikromanipulator mit seinen Zusatzwerkzeugen wie feinen Nadeln, Pipetten oder Elektroden ist ein Zusatzinstrument zum Mikroskop für mechanische Eingriffe an Objekten mit sehr kleinen Dimensionen. Es wird beispielsweise in der Mikrochirurgie, in der Reproduktionsmedizin zur Zellbearbeitung und zum Positionieren der Messelektrode in der Patch-Clamp-Technik verwendet. Unter optischer Kontrolle (Mikroskop) wird der Mikromanipulator zu Operationen an Geweben und Zellen von Lebewesen verwendet. Mit sehr feinen Mikrokapillaren, Nadeln, Elektroden und anderen Instrumenten können dabei äußerst präzise Eingriffe vorgenommen werden. Die Technik wird als Mikrurgie oder Mikromanipulation bezeichnet.