Als Bodenatmung wird zusammenfassend die Atmung der Kleinlebewesen im Boden und der Wurzeln bezeichnet. Der Beitrag der Wurzelatmung wird auf weniger als 30 % geschätzt, der Beitrag der Mikroben auf mindestens 70 %, der Anteil von Bodentieren als sehr gering. In Hydrokultursystemen existieren nur wenig Kleinlebewesen, da dominiert die Wurzelatmung.